חטיבת לוגיסטיקה וההנדסה כוללת:

• מחלקת בינוי
• מחלקת ציוד
• מדור רכש

מחלקת בינוי
בראש מחלקת הבינוי עומד ישי וייל.

מחלקת בינוי מונה 15 עובדים, בהם מהנדסים , טכנאים, שרברבים ונגרים. המחלקה פועלת ממשרדי המחלקה הממוקמים בבנין תפעול ולרשותה גם בתי מלאכה - נגריה ושרברביה.

מחלקת בינוי אחראית לתכנון ובצוע פרויקטים בתחום ההנדסה האזרחית והימית. המחלקה אחראית לתחזוקת המבנים היבשתיים והימיים, מסלולי נסיעה ומשטחי איחסון, פסי עגורנים, מערכות המים, הביוב והניקוז ומכונים להגברת לחץ מים ושאיבת ביוב.

הפרויקטים ועבודות התחזוקה הגדולות מבוצעים על ידי קבלנים חיצוניים ועבודות, התחזוקה הקטנות מבוצעות על ידי עובדי המחלקה.

בין הפרויקטים הבולטים שבוצעו ע"י מחלקת הבינוי ניתן למנות את הקמת אולם הנוסעים החדש במחסן 301 , בלוח זמנים קצר ביותר, בעלות של כ- 11 מליון ש"ח. ניהול התכנון וההקמה בוצעו על ידי מחלקת הבינוי בנמל.


מחלקת ציוד
בראש מחלקת הציוד עומד דני גת.

מחלקת הציוד בנמל אשדוד מטפלת בכל ההיבטים הקשורים לתחזוקת המנופים, המלגזות, ושאר הציוד המתמחה והציוד הנייד בנמל. בנוסף באחריות המחלקה ניהול משק החשמל בנמל. המחלקה מונה כ- 130 עובדים ומפעילה צוותי תקלות בתחום החשמל והציוד הנייד בכל שעות הפעילות של הנמל.

מחלקת ציוד כוללת מספר יחידות משנה:

• ענף ציוד מתמחה – באחריותו טיפול במנופים השונים המשמשים לפריקה וטעינה של אוניות בנמל. הטיפול במנופים כולל תחזוקה שוטפת ב- 4 סדנאות מתמחות בהן עובדים חשמלאים ומכונאים, וכן טיפול בתקלות ושיפוץ המנופים.
• ענף פרויקטים – באחריותו פרויקטים של בנית ושיפוץ המנופים הגדולים בנמל. בפרויקטים אלו מעורבים ספקים וקבלני משנה ובאחריות ענף פרויקטים לטפל חוזים מול הקבלנים, לפקח על איכות העבודה ועמידה בסטנדרטים שנקבעו ולתאם את עבודתם.
• ממונה ציוד – מהנדס מכונות האחראי על אפיון ורכש ציוד נייד (מלגזות, גוררים, שופלים וכדו').
• מהנדס מכונות נמלי – עומד בראש צוות המרכז עבודת קבלנים בתחומי המכונות, מכונאות, צבע ומסגרות.
• מהנדס חשמל – אחראי על ניהול משק החשמל בנמל. נמל אשדוד מקבל אספקת חשמל  מחברת החשמל עד שער הנמל, ניהול כל משק החשמל בנמל מתבצע באחריות חברת נמל אשדוד.