מספר דוגמאות:
אגרת כלי שיט: תשלום עבור הכנסת האונייה לנמל.
אגרת פריקה: תשלום עבור פריקת המטענים השונים מהאונייה. האגרה משולמת על ידי סוכן האונייה, ולעיתים גם על ידי בעל המטען עצמו.
אגרת רציף: היטל המוטל על סחורות המגיעות מחו"ל, בדומה למכס. נקבע לפי שווי הסחורות.
אגרת אחסנה: מעבר לשטח אחסנה מסוים, מוטלת אגרה על השימוש בשטח בו מאוחסן המטען שנפרק מן האונייה.
אגרות נוספות: אגרת עגינה / גרירה / ניתוב ועוד.
בכל מקרה, אונייה יכולה לעזוב את הנמל ולהפליג לדרכה אך ורק לאחר ששולמו האגרות השונות. אישור זה ניתן על ידי מנהל הנמל.