בראש המבנה הארגוני של חברת הנמל עומד הדירקטוריון. בכפיפות לדירקטוריון פועל מזכיר החברה.בכפיפות לדירקטוריון פועלת הנהלת החברה ובראשה עומד המנכ"ל, שלצידו עוזר המנכ"ל.
למנכ"ל החברה כפופים סמנכ"לים העומדים בראש חטיבות וכן מספר יחידות בכפיפות ישירה למנכ"ל: ביקורת פנים, לשכה משפטית, יחידת הביטחון, מחלקת החדשנות וניהול סיכונים.
חטיבות החברה כוללות:
חטיבת תפעול ומסופים, הכוללת את מחלקת התפעול, מחלקת המכולות, מחלקת מתקני תפזורת, יחידת בטיחות ופרויקטים תפעוליים.חטיבת משאבים.הכוללת את מחלקת מנהל ומש"א, מחלקת מחשוב ומערכות מידע, יחידת תכנון ובקרת משאבים.חטיבת לוגיסטיקה והנדסה הכוללת את מחלקת ציוד, מחלקת בינוי ומחלקת רכש.חטיבת כספים הכוללת את יחידת החשבות, מחלקת חישובים ומחלקת כלכלה ונכסים.חטיבת דוברות ותקשורת תאגידית הכוללת מרכז המבקרים ופעילות הדוברות.חטיבת תלקוחות הכוללת את מחלקת שירות לקוחות, מנהלת שיווק ומנהלת מכירות.